Den mannlige spillbare karakteren «Gold», har fått nytt design, mens den kvinnelige spillbare personen fra Crystal, «Kris» er byttet ut med en ny figur ved navn «Lyra».
Spillet har cutscenes (bilder) når du går inn på et nytt område.
Et nytt oppdrag med en «spiky-eared» Pichu, er lagt til i Ilex Forrest.
Alle 493 pokémon, kan benyttes i spillet. Alle disse vil følge etter bak deg når du går, på lik linje som med Pikachu i Pokémon Yellow.
Kyogre, Groudon og Rayquaza er mulig og få tak i på disse spillene, Kyogre på Heart Gold, Groudon på Soul Silver, og hvis noen bytter over Groudon/Kyogre fra det motsatte spillet, vil du kunne møte og fange Rayquaza.
Hvis du overfører Jirachi eller Arceus fra Diamond, Pearl eller Platinum, vil du aktivere nye oppdrag i spillet. Jirachi aktiverer et nytt sted som heter «Edge of the Night Sky», og Arceus aktiverer et nytt område i «Ruins of Alph», hvor du skal kunne skaffe deg enten Dialga, Palkia eller Giratina i level 1.
PokéGear har fått nytt design, mens PC-ens grensesnitt er tilsvarende det man finner i spillene Ruby, Sapphire, Emerald, Diamond, Pearl og Platinum. PokéDex har også fått nytt grensesnitt.
Battle Tower som var å finne i Crystal, gjør comeback i en utvidet utgave kalt «Battle Frontier». Battle Frontier er å finne like vest for Olivine City.
Det er lagt til et nytt område vest for Cianwood City. Området omfatter to nye ruter samt en Safari Zone. Den gamle Safari Zone på Kanto, er omgjort til Pal Park.
PokéWalker er et pedometer som følger med alle HeartGold og SoulSilver-spill. Du kan overføre dine pokémon til denne, og mens man går i det virkelige liv, vil pokémon man har overført til denne, få erfaringspoeng på lik linje med at den går bak deg i spillene. Pokémonen vil også bli mer lykkelig av dette, også dette som i spillene. Den vil også ha en «Item Finder», som gjør at plukker opp diverse «item» til deg. Den vil i tillegg ha en slags «PokéRadar», som gjør at en kan fange diverse pokémon i PokéWalkeren.
