Estland ligger nord i den tempererte klimasonen og i overgangen mellom den maritime klimasonen og innlandsklimasonen. Ettersom Estland (og hele Nord-Europa) blir kontinuerlig oppvarmet av maritime vinder som påvirkes av den varme temperaturen i den nordlige delen av Atlanterhavet har landet et mildere klima til tross for å ligge langt nord. Østersjøen fører til forskjeller mellom klimaet i kystliggende strøk og innenlandsområder.
Estland har fire sesonger som varer omtrent like lenge. Gjennomsnittstemperaturene går fra 17,8 °C på de baltiske øyene til 18,4 °C[1] i innlandet i juli, den varmeste måneden, og fra -1,4 °C på de baltiske øyene til -5,3 °C i innlandet i februar, den kaldeste måneden.[1]
Skog i naturreservatet EndlaUnge furutrær i vintertiden
Den gjennomsnitlige årlige temperaturen i Estland er 6,4 °C.[1] Klimaet blir også påvirket av Atlanterhavet, den nordatlantiske strømmen og det Islandske minimum, som er et område kjent for fremvekst av sykloner og hvor det gjennomsnitlige lufttrykket er lavere enn i nærliggende områder.
Estland ligger i en fuktig sone hvor mengden nedbør er høyere enn den totale mengden fordampning. Fra 1991 til 2020 var det i snitt 573 til 761 mm nedbør i året, hvor mesteparten av nedbøren falt mot slutten av sommeren.[2] Landet har mellom 102 og 127 nedbørsdager i året
Våren er vanligvis tørr og mild. Været i april kan være varierende, hvor det i første halvdel av måneden kan være snødager, samtidig som det kan forekomme dager med temperaturer over 20 °C. Våren er varmest i innlandsområdene sør i Estland, og kjøligst langs kysten. Mai er den varmeste vårmåneden, hvor temperaturene kan nå opp mot 20–30 °C. Lynsesongen begynner i april.
Sommerne er milde, varmest sør og øst i Estland og kaldere på øyene. Temperaturene kan nå opp til 30–35 °C, men ligger vanligvis rundt 20 °C. Den varmeste måneden er juli, men varmerekorden på 35,6 °C ble satt i august. Tordenstormer er ikke uvanlig på ettermiddagene.
Høsten er preget av nedbør og vind. Den første halvdelen av september kan være mild. Det er ikke uvanlig at sykloner kommer inn fra sørvest og vest og leder til tungt nedbør med tordenstormer. Stormene kan føre til oversvømmelser langs kysten og vindkast på over 35 m/s. I de påfølgende månedene blir temperaturene lavere og andelen skyfrie dager synker. Den første snøen kommer vanligvis sent i oktober eller i november. Langs kysten er høsten vanligvis mildere enn i innlandet.
Det er kaldere øst i Estland og varmere langs kysten. De kaldeste månedene er januar og februar; noen netter kan temperaturene synke til −35 °C. Den laveste målte temperaturen var på −43,5 C°. Sykloner kan føre til snøstormer.